Perang Tiga Segi

Di sebelah utara Sumatera pula pada masa yang sama, Aceh mula mengembangkan pengaruhnya untuk menguasai Selat Melaka. Selepas kejatuhan Melaka kepada Portugis yang beragama Kristian, pedagang-pedagang islam mula menjauhkan diri daripada Melaka dan singgah di Aceh. Melihat keadaan itu Portugis merasa tercabar kerana hasil perdagangannya semakin kurang.

Tujuan peperangan ini adalah untuk merebut penguasaan perdagangan di Selat Melaka dan peperangan ini berlarutan selama 100 tahun (1536 - 1636)

Portugis dan Johor sentiasa berperang menyebabkan Aceh melancarkan serangan ke atas kedua-dua belah pihak. Kebangkitan Aceh di Selat Melaka mengakibatkan Johor dan Portugis berdamai dan bekerjasama melemahkan Aceh. Tetapi selepas Aceh menjadi lemah, Johor dan Portugis kembali berperang.